Heisenberg oprócz tego, że był świetnym fizykiem, to stał się uosobieniem tego, co najlepsze w niemieckiej tradycji i kulturze. Cechy te spowodowały, że był osobą zupełnie bezbronną wobec hitlerowskiej dyktatury. Przed objęciem przez niego władzy otrzymał Nagrodę Nobla za swoją pracę dotyczącą mechaniki kwantowej. Był młody, genialny i sławny, co jako kariera marzeń było równolegle źródłem zagrożenia,. Po objęciu władzy przez dyktatora wielu znanych Heisenbergowi naukowców musiało emigrować, inni, pozbawieni wyboru opowiadali się za nazizmem.
Heisenberg i jego poglądy na temat III Rzeszy
Heisenberg nie należał do grupy zwolenników Hitlera, ale próbował pomagać ludziom, którzy mieli kłopoty. Sam również miał pewne trudności, nawet pomimo bycia laureatem Nagrody Nobla. Teoria względności wraz z fizyką atomową były bowiem postrzegane za niearyjskie i zamierzano je usunąć z programu studiów. Heisenberg w prasie NSDAP został niegdyś opisany jako „biały Żyd”, czyli Niemiec współpracujący z tą gorszą wg nazistów rasą. Heisenberg nie chciał jednak uciekać z Niemiec. Wyjeżdżali wyłączeni Ci, którzy naprawdę musieli, czyli z powodu żydowskiego pochodzenia, komunistycznych poglądów, albo połączenia ich przez propagandzistów z tymi grupami. Heisenberg nie poparł jednak nazistów, lecz nie należał do opozycji.
Kiedy wybuchła druga wojna światowa, a Niemcy zajęli większą część Europy, nie wypowiadał się negatywnie na ten temat. Podczas wojny pracował przy projekcie atomowym, który mógł doprowadzić do stworzenia pierwszej bomby plutonowej. Heisenberg podróżował po okupowanej Europie jako oficjalny przedstawiciel niemieckiej propagandy kulturalnej. Odwiedził takie miasta jak Budapeszt, Kraków czy Kopenhaga. Heisenberg uważał okupację takich miast jak Dania za naturalną i nie widział w tym niczego niestosownego.
Heisenberg a nieudana konstrukcja nazistowskiej bomby atomowej
Zespół Heisenberga zdawał sobie sprawę, że istnieją dwa sposoby na budowę bomby atomowej. Można było to zrobić, wykorzystując izotop 235U (uranu), bądź stosując pluton, który trzeba było wytworzyć w reaktorze. Izotop 235U jest o tyle problematyczny, że stanowi on jedynie 0,7% uranu występującego naturalnie. Jego większość to 238U, który nie nadaje się do wykorzystania w bombie. Ze względu na to, że chemicznie oba te atomy się nie różnią, trzeba było wykorzystywać do ich rozdzielenia specjalne procesy, w których rolę odgrywa różnica mas. Przykładem takiego procesu jest ruch w polu elektromagnetycznym albo dyfuzja. Różnica między masami 238 i 235 jest tak mała, że istnieje konieczność wielokrotnego powtarzania omawianego procesu. Niemcy uważali tę drogę za nierealną, mimo tego, że Amerykanie z sukcesem zbudowali ogromne zakłady wzbogacania Uranu. Drugi sposób na budowę bomby stanowiła produkcja plutonu w reaktorze. Do tego potrzebny był „jedynie” działający reaktor z kontrolowaną reakcją łańcuchową oraz wystarczająco wiele czasu.
Do spowalniania wyzwalających się neutronów najbardziej nadawał się grafit. Niemcy szczęśliwie tego nie wiedzieli, gdyż zwykły grafit przemysłowy był silnie zanieczyszczony borem, co powodowało silne pochłanianie neutronów. Konieczne było użytkowanie specjalnie oczyszczonego grafitu, co odkryli Amerykanie. Zespół Heisenberga usiłował bezskutecznie wykorzystać niepraktyczną konstrukcję reaktora, a dopiero krótko przed końcem wojny opracowali lepsze rozwiązanie. Dodatkowo do spowalniania neutronów wykorzystywali ciężką wodę produkowaną w Norwegii, której było zbyt mało. Niemieccy uczeni byli zszokowani, kiedy Amerykanie jako pierwsi skonstruowali bombę atomową i skutecznie wykorzystali ją bojowo w Japonii. Niemiecki program był dużo mniej zaawansowany i to wyłącznie z własnej winy. Na brak sukcesu projektu nałożyły się liczne czynniki, takie jak kurczący się potencjał nazistowskiego przemysłu w trakcie wojny, błędy polityków oraz ubytek wielu uczonych najwyższej klasy.
